Практически в каждой битве после того, как я меняю модули, замечаю, что не хватает в экипировке одного модуля (3/4). Как можно решить данную проблему?

Сними остальные чё уж с 3 ездить)

такая же проблема  ,  при смене   модулей   в гараже   один  слот остается  пустым  .

Никак. Это баг. Надо ждать когда его разработчики исправят. И еще устройство на корпус снимается когда меняешь его в битве

народ, все предельно просто: после смены вооружения подождите 2-4 секунды, пока сервер обработает информацию и экипирует вам то, что вы выбрали. полагаю, вы выходите из гаража моментально после завершения установки необходимых устройств/модулей
я лично выхожу в стартовое меню гаража, жду пару секунд, когда GS обновится (у меня на глазах он меняется) и после этого выхожу из гаража - всегда экипируется то, что нужно.